本校於1978年創校，為彩雲邨第一間校舍，亦為保良局興辦的第六間小學，蒙癸卯屆總理陳百強OBE太平紳士偕夫人丁已屆總理陳黃玉儀太平紳士慨捐港幣貳拾伍萬元助開辦經費，以誌念其萱堂陳南昌夫人，因感陳氏伉儷其義行高風，遂命名為陳南昌夫人小學。由時任社會事務司何鴻鑿司憲蒞臨主持啟用典禮。
原校舍建於彩雲邨，為七十年代火柴盒式設計，與一特殊學校共用。然而基於校務擴展，設施不敷應用，遂積極爭取獨立校舍，希望能夠改善學習環境，提升教學質素。
2018年9月，學校遷址至新蒲崗新校舍，繼續為學生提供優良教育。
